「十三行村」鄰近的挖仔尾聚落，早期也是平埔族的開墾區域，1724年挖仔尾成街後，1737年八里坌建城，由當地居民出錢出力獻地，構築土建堡壘；1788年清廷指定八里坌為正口與福州五虎門對渡。原來十三行遺址的住民雖消失了，但後進的原住民和漢人則延續了十三行聚落。挖仔尾地區也因漢人逐漸移入，形成了今天以張姓為主的聚落。

1874年開始興建的張家大厝，為挖仔尾年代最老的三合院古厝，以石、磚、土埆建成。位於挖仔尾聚落的「大營公廟」，廟中奉祀的是兵勇遺骸，1884年法軍侵台，被稱為湖南兵勇的劉銘傳部隊駐防八里一帶，這些兵勇在戰爭中犧牲後，為安撫其魂，於是建廟奉祀這些兵勇遺骸。目前廟旁有駐守的國軍營區，聽說營區的國軍弟兄在打掃時會順便清掃廟的周遭，以祈求大營公能保佑當兵的弟兄們。

挖仔尾因屬於海河交界的水岸區域，有沙嘴地形，經過時間的累積形成了潟湖地形。此處有珍貴的植物水筆仔，以及招潮蟹和彈塗魚。已被列為挖仔尾自然保留區。它和「十三行村」當地的居民在早期以牽罟的方式來捕魚，前者同時利用潟湖搭棚架養蚵。今天在挖仔尾仍保有部分傳統漁撈作業，裸灘地上可見停泊船隻。 

1895年陽曆6月4日日軍攻陷基隆後，台北岌岌可危。台灣民主國總統唐景崧和其他官員於隔日凌晨，到大稻埕乘小蒸汽船至滬尾（今淡水），上「駕時」輪船。船上有海關運來銀八箱，兩岸防營的兵營群情憤激，劫銀去後，在淡水河左岸的觀音山砲台開砲轟擊，慘死十六人；迨「駕時」將欲出海時，又開砲轟擊，該船大餐間傷斃兩人。隨後有德國軍艦回擊兩砲，砲壘隨被轟壞，「駕時」始得駛出。日軍隨於6月7日占領台北城，10月22日佔領台南，後宣佈「全島平定」。日本的台灣總督府以下官員，準備在1896年陽曆元旦，舉行佔領台灣的第一次過年的大慶賀。

陰曆11月16日，即陽曆1895年12月31日夜七時許，觀音山上的起火號大如斗，正是抗日義軍舉事的信號。台北三貂堡（今新北市的貢寮區、雙溪區）的林李成（經營金礦的前清秀才）首先發難，遂收復頂雙溪（今新北市雙溪區）及三貂一帶，致台北至宜蘭之交通，斷絕者數日。當時起事的二股主要勢力：一是新竹安平鎮（今桃園市平鎮區）的胡嘉猷率領的群眾，從三角湧（今新北市三峽區）出發；一是台北陳秋菊率領的群眾，從大龍峒（今台北市大同區）出發，合力圍攻台北城，殺聲震撼，槍火連天。夜晚中，群眾三千餘人，宛如上萬人。他們計劃一舉顛覆台北省城的日軍，然後四出擊破各地日軍的屯軍，各地多有響應的民眾。

總督府官員得知義軍起事，皆驚愕倉皇，相顧失色。總督樺山資紀自從蒞台以來，不曾親臨戰場，於是從夢中驚醒，親自督軍。抗日義軍蜂擁而來，直攻台北南、東兩座城門。然而大都是「削竹為竿，捆草為牌」；有的持布袋，或空拳赤手。日軍緊閉城門，並憑恃著台北城的城垣，頻頻對群眾發射槍彈。台北城下的抗日義軍受阻於城牆，屢次使用攻城梯衝鋒，仍然無法攻進城內。時城內兵士不多，樺山立即召集文官，編成後備隊。天亮後，城內日軍開城門，主動應戰。義軍由陸路來的，死傷數名而散。由水路來的，大多船剛靠岸時就折返。有的已經上岸，也棄船逃走。日軍搜索河邊空屋，尚遺留有名簿令旗。

該日，士林芝山嚴學務部學校教師楫取道明等六人，想來台北拜年，同行到圓山時，遇到撤退的義軍，均遭殺害。錫口（今台北市松山區）警察署被焚毀，警官十三名全死。三角湧、坪林尾（新北市坪林區）、關渡其他各處警察署，也多被焚毀。此日全市閉門，如戰時光景。隔天，憲兵警察搜捕義軍，山莊村落，苦況悽慘。台北各市街上嚴行稽察，拏獲甚多。有當場殺害者，有監禁拷問者。各官署牢獄，都人滿為患。到夜間，乃漸次綁出斬殺。沿途呼哭，哀聲刮耳。而所捕之人，不免冤枉多，真實的少。總督府繼而調軍隊討伐，嚴懲偏山鄉村的八里坌，自觀音山第二峰至桃園南崁。延長數十公里，遇人則殺，遇屋則燒，三角湧街亦成平地。在重大的日軍鎮壓下，胡嘉猷、蘇力、林李成等抗日首領知目前實力根本無法在台灣生存，所以相繼內渡到上海、廈門等地。自此留下的抗日義軍避入山中，等待時機起事。

西元1900年起，日本殖民政府開始在台北實施市街改正，在計畫拆除清朝所建造台北城牆的過程中，因民意反彈，僅保留北東南三座城門。拆下的城牆則用在新築於台北城外的監獄─台北刑務所，即台北監獄。當時關的犯人，為普通犯人與抗日分子。由於實施「匪徒刑罰令」，每年執行許多死刑，1901年更多達千人以上，1945 年6 月19 日，14 名美軍航空人員戰俘在台北監獄被日軍處決，至今只剩下紀念文留在監獄的舊牆上。

▲完成於1904年台北監獄的圍牆是當年拆除台北城牆來此建造的遺跡